大明的军队建制是卫下辖千户所，千户所下辖百户所，百户所下辖总旗，总旗下辖小旗，小旗是最基本的作战单位。而所有军地中的军卒都是实行世袭制，其目的是为了保证军队的忠诚度，战斗力，以及数量。可惜后来慢慢崩坏，卫所制的军卒都成了那些将领的私奴了。
如今的大明全国共有394个卫所，其中有65个守御千户所是独立建制不受卫的约束的。它们一般都分布在要害地区或两卫之间无法衔接的部位。
通常情况下，一卫统辖五个所，兵员在5600人；卫的指挥机关叫“指挥使司”，设指挥使一人，正三品指挥同知二人，从三品指挥佥事四人，正四品卫镇抚二人，从五品经历一人，从七品知事一人，正八品吏目一人，从九品仓大使、副使各一人，各司其职，逐级负责。
一个千户所下辖十个百户所，兵员1120人；千户所设正千户一人，正五品副千户二人，从五品所镇抚（镇抚是专管军纪的官员，百户缺员时可代百户行使职权）二人，从六品吏目一人，与上文提到的65个独立的守御千户所的官兵配置大体相同。
一个百户所下辖两个总旗，兵员112人；百户所设正六品百户一人，从六品试百户一人。总旗下辖五个小旗，兵员56人；小旗管辖10名士兵。
而卫和卫也有区别。其中最大的区别就是在这所有394个卫所中，可分为内卫和外卫两大类。
外卫的管理机构叫都司，省级管理单位叫都指挥使司，简称都司。明初按地域划分都司使司23个，所辖卫所347个，分别隶属于五军都督府（即前后左右中五军）直辖于兵部。
内卫分京营和亲军都护府，京营又分南京京营和北京京营，共设卫35个，主要负责京师的守备；
亲军都护府设卫12个，主要负责皇宫的守卫、皇帝的护驾等项事宜，亲军都护府由皇帝直接指派的亲信大臣统辖，不受兵部领导。
亲军都护府的第一卫叫锦衣卫，下辖17所，主要负责皇帝出行的护驾、护卫、仪仗和皇帝交办的缉捕刑狱、密侦查抄等项事宜。在锦衣卫中由皇帝钦典忠诚奉守，武功高强者180人为带刀侍卫，用以守护皇宫大殿，时刻不离皇帝左右，享有无尚的权利。锦衣卫同内务府的太监有着本质的区别。
以上各卫所的隶属关系和统辖规模在太祖去世后的历代继承者中，根据个人的需要都有很大的变动。不是一成不变，但是变动也不是很大，有变动的地方也都是以边境或是京师为主。
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