两次入选替补阵容，其余时间则主要代表二队参加德国足球高级联赛，2006-07赛季逐渐取代球队队长弗兰克·罗斯特成为主力门将，罗斯特随后转投汉堡足球俱乐部。
2006年年初诺伊尔被评为盖尔森基兴市年度最佳运动员，此前还曾赢得过弗里茨-瓦尔特奖。2006年8月19日2006-07赛季德甲第二轮客场对阵亚琛队，由于主力门将罗斯特小腿受伤，诺伊尔迎来个人职业比赛处子秀，帮助沙尔克04客场一比零胜亚琛队，从第十轮主场二比二战平拜仁慕尼黑一战开始，诺伊尔彻底取代罗斯特成为沙尔克04一号门将。
2006-07赛季有十三场比赛保持球门不失，扑救成功率高达百分之七十八点六，2006-07赛季诺伊尔随同沙尔克04获得德国足球甲级联赛亚军，诺伊尔以二点六一分成为kicker评分最高的球员，当选2006-07赛季德甲最佳门将。
2007-08赛季诺伊尔参加了德甲的全部三十四场比赛，并随队出征2007-08赛季欧洲冠军联赛。2008年3月5日2007-08赛季欧冠联赛八分之一决赛次回合，沙尔克客场挑战波尔图，诺伊尔化解了对方的多次射门，沙尔克在九十分钟内零比一不敌波尔图，双方总比分战成一比一，加时赛双方均无建树。点球大战上诺伊尔扑出对方两个点球，沙尔克四比一淘汰波尔图，挺进八强，沙尔克04创造了自参加欧冠以来的历史最佳成绩。
2008-09赛季诺伊尔由于在赛季前脚部骨折，休息了较长的一段时间，球队在欧洲联赛被及早淘汰，在德国杯也止步八强，这是诺伊尔在沙尔克04期间的最差成绩。
2009-10赛季诺伊尔再次保持全勤，打满全部德甲比赛，该赛季沙尔克04再次获得德甲亚军，这也是诺伊尔自己的第二个德甲亚军。2010年5月9日德甲第三十四轮沙尔克客场对阵美因茨，诺伊尔扑出包括一粒点球在内的多次射门，零封对手帮助球队战平从客场带回一分，成为本轮最佳球员，沙尔克04在获得2009-10赛季德甲联赛亚军的同时还成为2009-10赛季失球最少的最佳后防球队之一，整赛季失三十一球.
2010-11赛季当德国杯决赛原沙尔克04队长海科·韦斯特曼转投汉堡后，诺伊尔被主教练菲利克斯·马加特任命为新任队长。2011年2月4日2010-11赛季德甲联赛第二十一轮，鲁尔德比战沙尔克04客场挑战多特蒙德，诺伊尔十次扑救零封多特，沙尔克04最终
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